主人公は、ある海辺のさびれた宿屋を切り盛りするジム・ホーキンズ。夢は亡くなった父とと同じ船乗りだった。ある日、ビリー・ボーンズという、顔に刀傷があり大きな箱を抱えた謎の大男が現れる。彼は「片足の男」にひどく脅えており、争いにより死んでしまった。 ホーキンズ少年は地元郷士のトレローニとリブシー医師とともにボーンズの箱を調べ、帳面から彼がかつてフリント船長という海賊の船の一味であったこと、海賊団は集めた財宝を大西洋のある孤島に隠したことを知る。加えて、そしてその島の位置を記した地図も見つける。その後、財宝を探しにトレローニとリブシーはブリストルで船を仕立てる。航海には素人だったトレローニは、ジョン・シルバーという「片足の男」の助けを借りて乗組員を集め、シルバーとその仲間も含め旅に出る。 一行は航海の末に宝島にたどり着くが、シルバーは実はフリント海賊団の元一味で、自分が乗りこませた海賊仲間と共に島で反乱を起こす。幸運にもホーキンズが事前に反乱の相談を耳にし、船長のスモレットに通報していたおかげで船長以下、トレローニやリブシー医師は辛くも脱出し、島で海賊一味との戦いがはじまる。 海賊たちの間にも内輪もめ、昔この島に置きざりにされた元海賊のベン・ガンの助けのおかげで、一行は海賊たちを撃退し、財宝を手に入れることに成功する。その後、イギリスに帰り着いた一行は、財宝を分配し、それぞれの道を歩むことになった。