本書の編纂するために作者李時珍は、約27年間の歳月をかけ、三回も書き直し、800種以上の文献を参考した。また度重なる現地調査や標本採集なども並ならぬ心血を費やした。 全52巻、収録薬種は1892種（374種は新収）、図版1109枚、処方11096種（うち8000余は李時珍自身が収集、確定したもの）にのぼる。薬物ごとに釈名（名称の考証）・集解（産地の注解）・正誤（それまでの文献における間違いを訂正）・修冶（製造方法）・気味・主治・発明・処方（民間に流布される処方を収集）などの項目が立てられている。なお、第52巻には人体の薬物利用について、35の部位が収載されている。